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水域生態系包括淡水生態系和海水生態系。
溪流生態系
流動水域包括江河和溪流,因各種物理、化學條件的不同,使得生存期間的生物也不同:
溪流上游,坡度大,水流湍急、水溫低、溶氧量高、pH值高,偏鹼性、有機質含量低。能生活在此環境的生物種類不多,如石蠅、台灣鏟頷魚、台灣鮭魚等。
溪流中游,流速漸減,含氧量減少,有機質含量增加,pH值漸減而偏酸性。水溫較高。生物種類較多,有蜉蝣、溪哥、鯉魚等。
溪流下游,河面變寬,水流緩慢,溶氧量更少,人類活動增加,因此水中有機物豐富,僅有少數生物生存,如吳郭魚、羅漢魚、大肚魚、紅蟲等。
湖泊生態系
靜止水域依光線穿透情形,可分為湖泊和水潭。在湖泊,有些區域光線無法穿透,主要生產者是矽藻、綠藻和藍綠藻等藻類,消費者以魚類為主。在池塘,水淺而光線充足,則有一些挺水性植物(如香蒲和慈菇)、浮水性植物和瀋水性植物及其他大型淡水藻類等,消費者以各種魚類、蛙類、節肢動物(如水蚤、蝦、蟹)和軟體動物(如淡水蚌、螺)為主。
潮間帶生態系
潮間帶指海岸高潮線和低潮線之間的地區。陽光充足,有機質多,生物資源豐富。由於潮水漲退的關係,生活於此區的生物都有其特殊的適應方法以抵抗乾燥和海浪衝擊。台灣四面環海,海岸線長達1,000多公里。台灣的潮間帶因地形差異可分為:泥岸、沙岸及岩岸等不同的生態景觀。
台灣泥岸分佈於西南沿海,包括彰化、雲林及嘉義等地。由於堆積作用形成泥質灘地。因有機物豐富,可見文蛤、牡蠣、螃蟹等生物及鷸、鴴等遷移性水鳥。
台灣沙岸分佈在北部白沙灣、鹽寮、福隆等地。因泥沙鬆散,底質不穩定,有機物少,生物種類也較泥灘地少,僅有少數貝類、蟹和環節動物生活其間。
台灣岩岸分佈於於台灣北部和東部,如台北野柳、花蓮石梯坪等。大型藻類如石蓴、石花菜等為主要生產者。常見動物有海葵、珊瑚、海星、螃蟹、熱帶魚等。
珊瑚礁
珊瑚礁主要分佈在水溫25 ~ 29度、南北緯30度之間的礁岩海岸。台灣除了西部沙岸及泥岸地區外,其他地區海岸和離島都有珊瑚礁分佈。台灣的珊瑚礁主要分佈於墾丁、蘭嶼、綠島及小琉球海域,此區珊瑚礁熱帶魚類約有1,500種,北部的亞熱帶珊瑚礁魚類也約有800種。
近海區
低潮線以下的水域,其底部為大陸棚,有充足的陽光透入,又較不受潮汐和海浪影響。主要生產者有昆布、馬尾藻等大型藻類,另外還有珊瑚、螃蟹、龍蝦、魚類等動物,是人類獲取食物和資源的主要場所。
遠洋區
遠洋區海水上層,有充足的陽光透入,稱為透光區。平均深度約為100公尺,但在少數清澈的海水中,透光區可延伸到200公尺。此區生物種類較近海區少,主要以浮游生物、各種魚類、烏賊、鯨魚等為主。透光區下層為無光區,因為陽光透過水層,會逐漸被水吸收。水深超過200公尺的水域,沒有充足陽光透入;超過1,000公尺深處,光線則無法抵達。由於終年黑暗,溫度低,壓力大,只有少數生物生存,如深海魚類。
沼澤生態系
沼澤是排水不良的低地、定期被水淹沒,是陸地和水域的過渡地帶。可分為內陸的淡水沼澤與位於河流出海口的河口沼澤。
淡水沼澤
主要由湖泊、水潭淤積而成,水位不會定期升降,如新竹宜蘭交界的鴛鴦湖地區、墾丁的南仁湖地區等。
河口沼澤
位於河口附近,鹽度變化大,水位定期升降,是許多魚蝦繁殖的場所。常見動物有沙蠶、招潮蟹、貝類、彈塗魚和水鳥等。台灣的河口沼澤主要分佈於西部沿海地區,較著名的有七美溼地、大肚溪口、四草濕地、曾文溪口等,依植物組成可分為草澤和林澤。
草澤的主要植物為蘆葦和茳茳鹹草。
林澤主要可分為紅樹林和溪口林(穗花棋盤腳和黃槿等)。
紅樹林紅樹林植物是生長在熱帶及亞熱帶沿海的耐鹽常綠木本植物,是海邊良好護堤及防風樹種。台灣原有5種紅樹林植物,目前只剩4種,分別為水筆仔、五梨跤、海茄苳和欖李,已滅絕的有紅茄苳等。台灣最主要的紅樹林在關渡竹圍紅樹林保護區。
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